Mills癌症个体化诊疗研究中心

RPPA技术平台介绍


基本概念普及

技术平台简介
Mills癌症个体化诊疗研究中心的RPPA蛋白组学平台(MIPCC-RPPA)传承了MD安德森RPPA平台的技术。该平台由MD安德森个体化治疗中心(IPCT)创始人Gordon Mills博士一手打造,是全世界应用范围最广的RPPA蛋白组学平台。从2006建立之初已经分析超过17万例样本,作为美国国立卫生院(NIH)迄今为止最大的泛癌多组学项目The Cancer Genome Atlas(TCGA)的核心蛋白组学技术平台,承担了33种癌种,超过10000例临床样本的数据的采集与分析工作。其研究成果发表在Nature, Cell, Cancer Cell, New England Journal of Medicine, Nature Biotechnology上,从蛋白组学角度,阐释了目前药物治疗局限性的潜在机理,为癌症致病分子机理的探索,分子分型,癌症个体化治疗提供了极为宝贵的数据资源。

平台科研背景
MD安德森RPPA技术平台迄今为止已经协助研究者发表超过320篇论文,占全球RPPA领域发文量的一半以上,其中有90%以上集中在肿瘤学各个领域,涉及十余种癌种,其相关领域涉及基础医学研究,药物研发,泛癌多组学研究,临床试验以及生物信息学等细分领域,平均影响因子达到7.1以上,超过业内平均水平。MD安德森通过TCGA样本分析建立了RPPA蛋白组学数据库,并整合到CCLE基因表达数据库中。

相关链接
MD安德森RPPA数据库资源:https://tcpaportal.org/tcpa/    https://portals.broadinstitute.org/ccle
MD安德森RPPA技术平台:
https://www.mdanderson.org/research/research-resources/core-facilities/functional-proteomics-rppa-core.html

MD安德森RPPA平台文献数据汇总

主要论文
2017 Zhang Y, Kwok-Shing Ng Pet.al.,A Pan-Cancer Proteogenomic Atlas of PI3K/AKT/mTORPathway Alterations,Cancer Cell
2017 Li J, Zhao W et.al., Characterization of Human Cancer Cell Lines byReverse-phase Protein Arrays, Cancer Cell
2015 Brat DJ, Verhaak RGet.al.,Comprehensive, Integrative Genomic Analysis of DiffuseLower-Grade Gliomas, New England Journal of Medicine
2014 Collisson EA, Campbell JDet.al.,Comprehensive molecular profiling of lung adenocarcinoma, Nature

RPPA蛋白质组学平台流程简介

MIPCC-RPPA主要技术优势及特点
1.仅需40微克细胞样本或15毫克组织样本即可完成全部数据采集。
2.一个微阵列芯片同时检测1056个样本,每个样本包含5个2倍梯度稀释(1,1/2,1/4,1/8,1/16)来计算最终定量(5数据点进行单一样本定量),一张芯片同时采集大于5808个数据点(包含内参数据点)。
3.高精度全自动液体工作站系统确保样本制备过程“高效零差错”。
3.每个抗体均通过严格筛选及验证,所有抗体验证信息实时网上更新,确保结果的高度保真性,一次实验同时检测300-500个肿瘤相关蛋白及蛋白修饰位点,可一次获得高达300万个数据点。
4.每个微阵列单元包含多种质控样本以确保实验结果的准确性和有效性,并可实现批间比较(Inter-experiment),在TCGA项目中已得到验证,大大加强了数据可用性。
5.基于硝酸纤维膜介质的样本固定,以及国内目前唯一的Aushon2470高通量微阵列制备系统,确保最佳最高效的点样和精确度。
6.运用Dako Autostainer全自动系统完成抗体温育过程,减小人为操作所带来的片内(Intra-chip)及片间(Inter-chip)染色误差效应,使结果更加准确可靠。
7.完全标准化的生物信息学分析流程,基于SuperCurve的蛋白定量以及全蛋白表达为基础的系统性归一化流程和基于对照样本的实验间数据归一化方法,已经被大量高水平文献证实其可靠性及保真性。
8.标准化管理以及流程控制与质量控制,严格确保技术每一个环节准确性和可靠性。

可测蛋白靶点列表

RPPA核心设备